裁量労働制では、労使協定に「１日８時間働いたとみなす」と定めれば、10時間働いても８時間、逆に１時間しか働かなかったとしても８時間とみなすことになります。
ですから、定時の始業時間に遅れても遅刻控除はできません。
午後に出勤してきて夕方帰宅したとしても半休扱いとすることはできないのです。
逆に、「１日８時間働いたとみなす」と定めたら、９時間働く日があっても残業代を支払う必要はありません。
ただし、裁量労働制であっても、深夜と休日に働いた分については別途時間を把握して残業代を支払う必要があります。
裁量労働制では、業務遂行の手段や方法、時間配分などを大幅に労働者の裁量にゆだねる必要があります。
「遅くとも○時までには出社するように」と出退勤時間を指示したり、「朝礼には毎日出るように」と指示することは問題があるでしょう。
